Ekologia molekularna (Wydawnictwo Naukowe PWN)

Tytuł Ekologia molekularna Autor Joanna R. Freeland Język polski Wydawnictwo Wydawnictwo Naukowe PWN Tłumaczenie Filip Fierek ISBN 978-83-01-21670-2 Rok wydania 2021 Wydanie 2 liczba stron 404 Format mobi, epub Spis treści 1. Genetyka molekularna w ekologii 1 Czym jest ekologia molekularna? 1 DNA, RNA i białka 2 Allozymy 5 DNA – niewyczerpane źródło informacji 8 Mutacja i rekombinacja 9 widoczniki epigenetyczne 11 Genomy 13 DNA mitochondrialny (mtDNA) 14 DNA chloroplastowy (cpDNA) 15 Chromosomy haploidalne 17 Reakcja łańcuchowa polimerazy 19 Ilościowa reakcja łańcuchowa polimerazy 20 Źródła DNA 23 Pozyskiwanie danych metodą PCR 24 wymiar fragmentów 24 Sekwencjonowanie DNA 27 Sekwencjonowanie wysokoprzepustowe 28 Podsumowanie 31 Streszczenie rozdziału 31 2. Markery molekularne w ekologii 33 Zrozumieć markery molekularne 33 Markery neutralne kontra markery adaptacyjne 33 Genomy 34 DNA mitochondrialny zwierząt (mtDNA) 34 DNA mitochondrialny roślin (mtDNA) 37 DNA chloroplastowy (cpDNA) 38 Chromosomy haploidalne 41 Markery jednorodzicielskie: zastrzeżenia końcowe 42 Markery molekularne 44 Wczesne fazy rozwoju markerów molekularnych 44 Allozymy 44 PCR-RFLP 45 Losowo amplifikowany polimorficzny DNA (RAPD) 46 Markery ISSR 47 Polimorfizm długości amplifikowanych fragmentów (AFLP) 47 Modyfikacja AFLP – polimorfizm wrażliwy na metylację (MSAP) 49 Mikrosatelity 50 Sekwencjonowanie DNA 55 Sekwencjonowanie pojedynczego regionu DNA 56 Polimorfizm pojedynczego nukleotydu (SNP) 57 Sekwencjonowanie wysokoprzepustowe (HTS) 61 Sekwencjonowanie RAD 61 Genotypowanie poprzez sekwencjonowanie (GBS) 63 Wychwytywanie sekwencji docelowej 63 Sekwencjonowanie pełnogenomowe 64 Podsumowanie 65 Streszczenie rozdziału 65 3. Gatunki 67 Koncepcje gatunku 67 Barkodowanie DNA 69 zastosowania barkodowania 73 Barkodowanie i jego ograniczenia 75 Metabarkodowanie 80 Metagenomika 82 Barkodowanie i metabarkodowanie eDNA (DNA środowiskowego) 84 Podsumowanie 89 Streszczenie rozdziału 89 4. Filogeografia 91 Czym jest filogeografia? 91 Rozwój filogeograficznych zbiorów informacji 92 Zegary molekularne 96 Drzewa dychotomiczne rozgałęzione 98 Koalescencja 106 Sieci 108 Analizy filogeograficzne oparte na modelach 111 Zmiany klimatyczne w długiej perspektywie 112 Okresy lodowcowe i międzylodowcowe 112 Ostoje morskie 116 długofalowe skutki zlodowaceń 117 Dyspersja i wikariancja 117 Sortowanie linii genetycznych 120 Hybrydyzacja 122 Filogeografia używana: inwazje 126 Podsumowanie 130 Streszczenie rozdziału 130 5. Analiza genetyczna pojedynczych populacji 132 Po co badać pojedynczą populację? 132 Co to jest populacja? 132 Obliczanie rozmaitości genetycznej 135 Równowaga Hardy’ego-Weinberga 135 Wskaźniki różnorakości genetycznej 141 zasobność haplotypowa 145 dobór markera i genomu 145 Co wpływa na różnorodność genetyczną? 147 Dryf genetyczny 147 Co to jest sprawna wielkość populacji? 148 Cenzusowa wielkość populacji (Nc) 149 produktywna ilość rozmnażających się osobników (Nb) 149 Obliczanie Ne na podstawie informacji demograficznych 149 Obliczanie Ne na podstawie informacji genetycznych 151 Obliczanie Ne – zastrzeżenia 157 wydajna wielkość populacji, dryf genetyczny i różnorodność genetyczna 157 Wąskie gardło i efekt założyciela 159 Wielkość populacji i jej spadek 161 Selekcja naturalna 163 Rozmnażanie 166 Chów wsobny (kojarzenie krewniacze) 169 Ekologia i rozwój osobniczy 172 Podsumowanie 174 Streszczenie 175 6. Dyspersja, przepływ genów i genetyka krajobrazowa 177 Co to jest przepływ genów? 177 Po co obliczać przepływ genów? 179 Obliczanie przepływu genów między odrębnymi populacjami 180 Statystyka F 181 Testy przypisania 184 Analiza pokrewieństwa i rodzicielstwa 186 Identyfikacja populacji metodami nie a priori 187 Genetyka i genomika krajobrazowa 193 Analiza informacji w genetyce krajobrazowej 196 Izolacja przez dystans (IBD) 197 Izolacja poprzez opór (IBR) 199 Związki genotypu i środowiska 200 Współczesne i historyczne czynniki wpływające na przepływ genów 203 Zróżnicowanie populacji: przepływ genów, dryf genetyczny i przypasowanie 205 Przepływ genów i dryf genetyczny 205 Adaptacja lokalna i przepływ genów 205 Dryf kontra selekcja 208 QST i FST 208 Podsumowanie 210 Streszczenie 211 7. Ekologia behawioralna 212 Jak informacje genetyczne pomagają zrozumieć zachowanie? 212 Systemy rozrodcze 213 Monogamia 214 Poligamia 214 Analiza rodzicielstwa 216 Zapłodnienie pozapartnerskie 219 EPF i przypasowanie samców 221 EPF z perspektywy samicy – argumenty odwołujące się do adaptacji 221 EPF z perspektywy samicy – argumenty nieodwołujące się do adaptacji 222 Społeczne wychowywanie potomstwa 229 Wychowywanie kooperacyjne – korzyści pośrednie 230 Wychowywanie kooperacyjne – korzyści bezpośrednie 234 Eusocjalność 234 Dyspersja zależna od płci 237 Dyspersja zależna od płci – analizy na poziomie populacji 239 Genetyczne zróżnicowanie samców i samic 239 Markery dziedziczone w różnorodny sposób 240 Pokrewieństwo 244 Dyspersja zależna od płci – analizy na poziomie osobniczym 244 Indeksy przypisania 244 Autokorelacja przestrzenna 246 Analiza rodzicielstwa 248 Zgodność wyników 248 Ekologia żerowania 250 Podsumowanie 255 Streszczenie 255 8. Genetyka konserwatorska 257 Taksonomia 262 Podgatunki 264 Taksony niższe niż podgatunek 266 Jednostki ochrony i przypasowanie 267 bogactwo genetyczna 269 dostatek genetyczna i potencjał ewolucyjny 271 Transkryptomika i epigenetyka 274 mnogość genetyczna a chów wsobny 275 Depresja wsobna 281 Selekcja oczyszczająca i selekcja równoważąca 283 Pomiar depresji wsobnej 286 Zróżnicowanie genetyczne i ratunek genetyczny 289 Depresja outbredowa 291 Reintrodukcje 294 Hybrydyzacja 297 Genetyka zespołów 300 Podsumowanie 304 Streszczenie 304 Słownik 306 Literatura 322 Indeks 390