Wirusologia (Wydawnictwo Naukowe PWN)

Tytuł Wirusologia Język polski Wydawnictwo Wydawnictwo Naukowe PWN ISBN 978-83-01-22272-7 Rok wydania 2022 Warszawa Wydanie 2 ilość stron 404 Format mobi, epub Spis treści PRZEDMOWA DO WYDANIA DRUGIEGO IX PRZEDMOWA X WYKAZ SKRÓTÓW użytkowanYCH W TEKŚCIE XI 1. NATURA WIRUSÓW 1 1.1. Budowa cząstki wirusowej Anna Goździcka-Józefiak 1 1.1.1. Kapsyd 1 1.1.2. Symetria wirionów 3 1.1.3. Wiriony osłonięte 4 1.2. Genomy wirusów 6 1.3. Wirusy atakujące komórki eukariotyczne 7 1.3.1. Genomy wirusów rodzaju DNA 7 1.3.2. Genomy wirusów rodzaju ssRNA 11 1.4. Strategie kodowania i ekspresji wirusowych genów 13 1.4.1. (+)ssRNA 13 1.4.2. (–)ssRNA 14 1.4.3. Genomy ambisensowne 15 1.4.4. DsRNA 15 1.4.5. (+)ssRNA replikowane z udziałem odwrotnej transkryptazy 16 1.4.6. Białka wirusów atakujących komórki eukariotyczne 16 1.4.7. Transkrypcja i translacja u wirusów bakteryjnych (bakteriofagów) 16 1.5. Klasyfikacja wirusów według Davida Baltimore’a 16 1.6. Etapy replikacji wirusowej cząstki 18 1.7. Wnikanie wirusów do komórki Justyna Broniarczyk 18 1.7.1. Adsorpcja wirusów do komórki 19 1.7.2. Penetracja – wnikanie wirusów do komórki 21 1.8. Wewnątrzkomórkowy transport wirusów 24 1.9. Składanie i uwalnianie wirionów potomnych z komórki 24 1.10. Przebieg cykli replikacyjnych wirusów Anna Goździcka-Józefiak, Jakub Barylski 25 1.11. Przebieg zakażeń wirusowych u organizmów wielokomórkowych Anna Goździcka-Józefiak 27 1.12. Sposoby przenoszenia wirusów 27 2. KLASYFIKACJA WIRUSÓW Jakub Barylski 29 3. CHARAKTERYSTYKA NAJWAŻNIEJSZYCH RODZIN WIRUSÓW ZWIERZĘCYCH 31 3.1. Herpeswirusy Alicja Warowicka 31 3.2. Adenowirusy Martyna Węglewska 41 3.3. Parwowirusy 49 3.4. Poliomawirusy Alicja Warowicka 55 3.5. Papillomawirusy 59 3.6. Pikornawirusy Robert Nawrot 67 3.7. Rabdowirusy 73 3.8. Paramyksowirusy Julia Durzyńska 79 3.8.1. Wirus Nipah Anna Goździcka-Józefiak 83 3.9. Ortomyksowirusy Justyna Broniarczyk 84 3.10. Koronawirusy Martyna Węglewska 91 3.11. Reowirusy Robert Nawrot 98 3.12. Retrowirusy Elżbieta Poręba 104 3.13. Poxwirusy Julia Durzyńska 116 3.14. Wirusy owadzie Anna Goździcka-Józefiak 120 3.14.1. Bakulowirusy (Baculoviridae) 122 4. CHARAKTERYSTYKA WYBRANYCH GRUP WIRUSÓW ZGODNIE Z PODZIAŁEM KLINICZNYM 129 4.1. Wirusy hepatotropowe Justyna Broniarczyk 129 4.2. Wirusy krwotoczne Alicja Warowicka 141 4.3. Wirusy neurotropowe Anna Goździcka-Józefiak 153 4.4. Teratogenne wirusy zwierzęce 156 4.5. Wirusy onkogenne Julia Durzyńska 159 4.5.1. Retrowirusy onkogenne 160 4.5.2. Wirusy DNA 163 4.5.3. Onkogenne wirusy zapalenia wątroby 171 5. WIRUSY ROŚLINNE Oskar Musidlak, Robert Nawrot 175 5.1. Wprowadzenie 175 5.2. Sposoby rozprzestrzeniania się wirusów pomiędzy roślinami 175 5.3. Przemieszczanie się wirusów w roślinie 176 5.3.1. Przemieszczanie z zastosowaniem plazmodesm – transport krótkodystansowy 176 5.3.2. Przemieszczanie z wykorzystaniem wiązek przewodzących – transport długodystansowy 176 5.4. Charakterystyka wybranych grup wirusów roślinnych 177 5.4.1. Genomy w formie (+)ssRNA 177 5.4.1.1. Strategia syntezy subgenomowego RNA i read-through 178 5.4.1.2. Strategia produkcji poliproteiny 180 5.4.1.3. Strategia genomu podzielonego 181 5.4.1.4. Strategia ambisensu 182 5.4.2. Genomy w formie (–)ssRNA 182 5.4.3. Genomy w formie dsRNA 182 5.4.4. Genomy w formie DNA 182 5.5. Objawy zakażeń wirusowych roślin 184 5.5.1. Objawy makroskopowe 184 5.5.2. Objawy mikroskopowe 185 5.6. Subwirusowe czynniki infekcyjne 186 5.6.1. Wiroidy 186 5.6.2. Wirusy satelitarne i satelitarne RNA – satelity 188 5.6.3. Defektywne RNA – D RNA 190 6. WIRUSY GIGANTY, WIRUSY GRZYBÓW I GLONÓW 193 6.1. Jądrowo-cytoplazmatyczne znaczne wirusy DNA (NCLDV) Julia Durzyńska 193 6.2. Wirusy zakażające algi Robert Nawrot 198 6.3. Wirusy zakażające grzyby 199 7. WIRUSY PROKARYOTA Jakub Barylski 201 7.1. Replikacja fagów 201 7.2. Cykle replikacyjne wybranych fagów 203 7.3. Rola wirusów Prokaryota w naturalnych ekosystemach 207 7.4. Rola fagów w ewolucji mikroorganizmów 208 7.5. Rola fagów w gospodarce człowieka 209 8. ODPOWIEDŹ ORGANIZMU NA ZAKAŻENIE WIRUSOWE 211 8.1. Odpowiedź komórek i organizmów zwierzęcych na zakażenia wirusowe Julia Durzyńska 211 8.1.1. Molekularne mechanizmy przeciwwirusowej wewnętrznej odpowiedzi komórki Elżbieta Poręba 212 8.1.2. Wrodzona odpowiedź układu wytrzymałościowego Julia Durzyńska 217 8.1.3. Nabyta odpowiedź układu opornościowego 219 8.1.4. Ucieczka wirusów przez odpowiedzią układu niepodatnościowego 222 8.1.5. Wirusy a apoptoza Anna Goździcka-Józefiak 223 8.1.6. Wirusy a autofagia 225 8.2. Odpowiedź komórki roślinnej na zakażenie wirusowe Robert Nawrot 226 8.3. Odpowiedź komórki prokariotycznej na zakażenie wirusem Jakub Barylski 233 9. POCHODZENIE I EWOLUCJA WIRUSÓW Julia Durzyńska 237 10. ZOONOZY – CHOROBY ODZWIERZĘCE Oskar Musidlak 243 10.1. Wprowadzenie 243 10.2. Przykłady zoonoz wirusowych 244 10.3. Zakażenia wirusowe i ich transmisja 248 10.3.1. Transmisja wirusów zwierzęcych 249 10.3.1.1. Transmisja przy udziale wektorów 249 10.3.1.2. Transmisja bez udziału wektorów 249 10.3.2. Miejsca wnikania wirusów do organizmu człowieka – drogi zakażenia 250 10.3.3. Objawy zakażeń wirusowych 250 10.3.3.1. Najczęstsze objawy zakażenia wirusowego 250 10.3.3.2. Objawy ostrych zakażeń wirusowych 250 11. EPIDEMIE I PANDEMIE CHORÓB WIRUSOWYCH Martyna Węglewska 253 11.1. Podstawowe pojęcia związane z epidemiologią chorób wirusowych 253 11.2. Największe epidemie chorób wirusowych w XX i XXI w. 254 12. LEKI PRZECIWWIRUSOWE Oskar Musidlak 269 12.1. Wprowadzenie 269 12.2. Typy leków przeciwwirusowych 269 12.3. Odporność lekowa 277 12.4. Monitorowanie bezpieczeństwa leków przeciwwirusowych 277 12.5. Perspektywy badawcze i nowe technologie w projektowaniu leków przeciwwirusowych 278 13. SZCZEPIONKI PRZECIWWIRUSOWE Martyna Węglewska 279 13.1. Wstęp 279 13.2. Komponenty składowe szczepionek 279 13.3. Typy szczepionek 280 13.4. Kryteria stawiane szczepionkom dopuszczonym do korzystania 287 13.5. Skuteczność szczepień 288 13.6. Historia szczepień 288 13.7. Wirusy jako broń biologiczna Anna Goździcka-Józefiak 290 14. Użycie WIRUSÓW W BIOTECHNOLOGII, BIOLOGII MOLEKULARNEJ I INŻYNIERII GENETYCZNEJ Elżbieta Poręba, Jakub Barylski 293 14.1. Enzymy wirusowe 293 14.2. Wektory wirusowe i wirusowe części genetyczne stosowane w wektorach 293 14.3. Użycie bakteriofagów do detekcji i identyfikacji bakterii 298 15. WIRUSOTERAPIA 299 15.1. Fagoterapia Jakub Barylski 299 15.2. Wirusy onkolityczne Julia Durzyńska 301 16. PRIONY Alicja Warowicka 307 17. ZMIENNOŚĆ WIRUSÓW A WIROM CZŁOWIEKA Anna Goździcka-Józefiak 313 18. WYBRANE METODY BADAWCZE wykorzystywanE W WIRUSOLOGII 317 18.1. Wstęp Anna Goździcka-Józefiak 317 18.2. Pobieranie materiału do badań Martyna Węglewska 318 18.3. Namnażanie i izolacja wirusowych cząstek Alicja Warowicka 318 18.4. Efekty cytopatyczne Oskar Musidlak 320 18.5. Metoda „łysinkowa" 322 18.6. Analiza żywotności komórek 323 18.7. Określanie zjadliwości wirusów 323 18.8. Techniki mikroskopowe w wirusologii Alicja Warowicka 324 18.9. Metody pośrednie rozpoznania zakażenia wirusowego Anna Goździcka-Józefiak 327 18.10. Metody identyfikacji wirusów oparte na interakcji antygen-przeciwciało 328 18.10.1. Metoda precypitacji w żelu (immunodyfuzja) 329 18.10.2. Identyfikacja wirusowych antygenów 329 18.10.3. Odczyn immunoperoksydazy 329 18.10.4. TEST CTF – odczyn wiązania dopełniacza 330 18.10.5. Ocena odpowiedzi T komórkowej na zakażenie wirusowe 330 18.11. Wybrane techniki użytkowane do identyfikacji i badań wirusowych kwasów nukleinowych Robert Nawrot 331 18.11.1. Reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR) 331 18.11.2. PCR w czasie rzeczywistym 332 18.11.3. PCR multipleksowy 333 18.11.4. Metody hybrydyzacji kwasów nukleinowych 333 18.11.5. Użycie progresywnych metod sekwencjonowania kwasów nukleinowych w wirusologii Jakub Barylski 334 18.11.6. Amplifikacja DNA w warunkach izotermicznych (technika LAMP) Anna Goździcka-Józefiak 336 18.12. Zastosowanie metod izolacji i identyfikacji białek w badaniach wirusologicznych Martyna Węglewska 339 18.12.1. Jak dostać materiał do badań 340 18.12.2. Drożdżowy system dwuhybrydowy 340 18.12.3. Metody oparte na chromatografii powinowactwa 341 18.12.3.1. Immunoprecypitacja i koimmunoprecypitacja 342 18.12.3.2. Tandemowa chromatografia powinowactwa 342 18.12.3.3. Sieciowanie 344 18.12.4. Metody mikroskopowe 347 18.12.5. Ligacja zbliżeniowa in situ 348 18.12.6. Metody screeningu wysokoprzepustowego 348 18.12.7. Weryfikacja zidentyfikowanych oddziaływań białko-białko, a także badanie funkcji białek w kompleksach z zastosowaniem metod inżynierii genetycznej 351 18.12.8. EMSA 351 18.12.9. Badania proteomiczne w wirusologii Robert Nawrot 353 18.13. Przygotowanie szczepionek przeciwwirusowych Martyna Węglewska 356 18.13.1. Faza badawcza i przedkliniczna 356 18.13.2. Faza testów klinicznych 357 18.13.3. Weryfikacja i dopuszczanie do użytku nowych preparatów 359 18.14. Syntetyczne cząstki wirusowe Justyna Broniarczyk 360 18.15. Cytometria i wirometria przepływowa Anna Goździcka-Józefiak 363 18.16. Dezynfekcja i sterylizacja 364 19. ANEKS: TAKSONOMIA WIRUSÓW I SUBWIRUSOWYCH CZYNNIKÓW ZAKAŹNYCH Sophia Bałdysz, Jakub Barylski 365 SŁOWNICZEK 379 SKOROWIDZ 385